Na północy i wschodzie kraju góry i wyżyny ustępują miejsca Nizinie Boliwijskiej i Pantanal. Obszary te, choć położone niżej niż tereny je otaczające, mają odmienny charakter geologiczny, klimatyczny i florystyczny. Stoki obszarów górskich graniczących od północy z niziną zajmuje górski las deszczowy o piętrowym układzie roślinności. Ku północy przechodzi on w nizinny las deszczowy dorzecza Amazonki, tworząc razem z nim jeden z najbogatszych ekosystemów na Ziemi. Nizina Pantanal to kotlina otoczona wzgórzami, otwarta jedynie ku południowi i odwadniana przez rzekę Paragwaj. Na tym obszarze wyróżnia się pory suchą i wilgotną, podczas której wody spływające na teren kotliny zalewają jej znaczny obszar.